1918-ci ilin əvvəllərindən başlayaraq S.Şaumyanın tapşırığı ilə Şamaxıda böyük mülk, var-dövlət sahibi olan Stepan Lalayev gizlincə Şamaxı şəhərində, eləcə də Mədrəsə, Kərkənc, Saqiyan, Zarxı, Meysəri kəndlərində yaşayan ermənilərə, həmçinin də malakanlar yaşayan kəndlərə silah, sursat paylatmış, onları başdan-ayağa silahlandıra bilmişdi. S.Şaumyanın məqsədi azərbaycanlılara qarşı soyqırımını bütün ölkə miqyasında həyata keçirmək idi. S.Lalayevin və eləcə də bir çox erməni mülkədarlarının mülkləri şəhərin yuxarı hissəsində yerləşirdi. Cinayətkar dəstənin başçılarından olan S.Lalayevin mülkündənsə şəhərin müsəlman məhəllələri ovuc içi kimi görünürdü. Elə buna görə mülkün zirzəmisi əvvəlcədən silah-sursatla doldurulub. Mülkdən atılan toplarla Cümə məscidinin həyətini vurmaq da çox asan olub. S.Lalayevin əmri ilə erməni əsgərləri şəhərin 12 məhəllə məscidinə, həmçinin VIII əsrə aid  Cümə Məscidinə sığınan şəhər sakinlərini diri-diri yandırıblar. Şamaxı sakinlərinin müqaviməti ilə üzləşən vandallar hiyləyə əl atırlar. Qriqoryan kilsəsinin keşişi Baqrat və rus icmasının din xadimləri yerli müsəlmanlarla görüşüb sülhə and içirlər. Şamaxının ən çox soyqırımına məruz qalan yaşayış məntəqələrindən biri də Əngəxaran kəndi olub. Belə ki, erməni silahlı birləşmələri martın 18-də sübh çağı şəhərlə yanaşı Əngəxarana da qəfil hücum ediblər. Kəndə soxulan erməni və molokanlar kəndi mühasirəyə alaraq oradakı əhalini qırıb, kəndi qarət edib, yandırıb, sağ qalan əhalini isə əsir alıblar. Məlumata görə, Əngəxaranda 510 nəfər qətlə yetirilib, onlardan 74 nəfərinin başı "Qanlı dərə" və ya "Əngəxaran dərəsi" adlanan yerdə  vaxtilə Şamaxıda qəssab işləmiş bir erməni tərəfindən kəsilib. Kənddəki 186 evdən 184-i yandırılıb, 7 aşığın külliyyatı məhv edilib. Şamaxıda iki dəfə törədilmiş azərbaycanlıların soyqırımı zamanı şəhərin 21.127 nəfər müsəlman əhalisindən təqribən 8-10 min nəfəri qətlə yetirilib. Yaşayış məhəllələri və məscidlərlə yanaşı, şəhərdə bütün ictimai binalar, bazarlar, yüzlərlə dükan, anbar, dəyirman və digər mülki obyektlər yandırılaraq tamamilə məhv edilib. Şamaxıda baş verən soyqırımı 1918-ci ilin iyul ayının ortalarında Türk-Azərbaycan qoşunları tərəfindən azad olunana qədər davam edib. Həmin dövr ərzində ümumilikdə Şamaxı qəzasının 106 kəndi yandırılaraq dağıdılıb, ümumilikdə isə 110 kəndin sakinləri erməni quldur dəstələrinin hücumlarından zərər çəkib.